纠正一下题主的问题，福建有三处南少林（疑似），除了莆田和泉州外，还有一处福清南少林，先介绍三处的情况再说结论。
1915年出版的《少林拳秘诀》说：“国内有两少林，一在中州，一在闽中”。中州少林寺就是嵩山少林寺，闽中少林就是本题中的南少林。
福清南少林
1993年6月，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址（如图）。从少林尾经少林石路，过少林桥，进入山门，有九个层次分明的大阶地，寺院依山起势成阶梯式建筑，前后进深180米，主座及两厢附廊宽达68米，建筑面积近2万平方米。寺院建筑群十分浩大，寺内有极为完整的排水系统和用特制的瓦筒安装的供水设施，四周筑有防火墙，墙外还有附属建筑物，是一座大型禅宗寺院。
福清少林寺遗址，无论其山川地貌、寺院风水和文化内涵都与河南嵩山少林寺相似，同为莲花宝地，九莲山环峙。少林寺后面的山，也叫嵩山。
福清少林寺遗址，经国家文物管理局批准，从1995年7月起由省市联合考古队进行发掘，出土了大量少林寺文物，如“少林院”“少林”等石刻铭文，以及石桥、石孟、石槽、石碾、石碑、石础、石春臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有巨型的北宋早期的和尚墓塔等上千件文物。
福清少林寺遗址面积达5000平方米，寺院建于唐宋时期，属佛教寺院建筑，其布局依山体走向，沿阶地进行设计建造，工艺精细。寺院周围有4条当年对外交通古道和10多座古桥。
1994年11月，经批准，福清在少林寺遗址上重建南少林寺。寺前广场上，立着南少林寺大碑坊。天王殿后两层院埕，石阶上是“大雄宝殿”。还有达摩祖师殿。整个寺院的建筑，全是乳白色的墙基，红色的墙壁、门户、梁柱，顶部仿古的斗拱、椽条红白相间，屋盖是金黄色琉璃瓦。
嵩山少林寺第三十三代法师释永寿曾率团到福清考察少林寺遗址，予以确认。
莆田南少林1986年，莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等，学者们从石槽长226厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散”字样，判断这是僧兵治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是南少林寺遗址。十几年前我去过莆田南少林，亲眼看过这个石槽。去的那天刚好赶上所谓“南北武僧汇演”，还上了新浪头条，结果第二天就被北少林打脸。(其实就是当地从河南武校请来表演的)
九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两三万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。
1992年4月25日，莆田市在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址，中国佛教会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，他根据先辈叮嘱，暂定了林泉院即南少林寺，并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下”的亲笔题词。现在，莆田南少林寺已初具规模，大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、山门以及赵扑初题额的“南少林”牌坊等，巍峨壮观，金碧辉煌。周围的古竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院环绕着南少林寺，形成气势昂扬的寺院群落，重现了当年十方丛林的恢宏气度。唯一的遗憾是所有记载只是“林泉院”的痕迹，并无记载“少林寺”的字样，还是不能服众。
泉州南少林泉州南少林应该名声最大，因为央视10套曾经多次播放了泉州南少林的纪录片，展示了古籍证据。福建泉州东禅少林寺，相传为唐初嵩山少林寺武僧智空入闽所建，址在清源山之东岳山麓，一向为我国南禅及南少林武术之中心，声名远播。自唐宋元明清以来，历经三废三兴。据清代《西山杂志》记载，唐天佑元年（公元907年），“少林寺反王审知附梁，被毁”，北宋太平兴国六年（公元981年）诏修；南宋景炎元年，“清源少林寺千僧蒲寿庚之降元”，千僧抗元，少林寺再次被毁，明洪武十年，州官黄立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毁，火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。部分武僧逃入德化避难，其藏身地一直是个谜。近来有人证实，泉州市德化县福建省著名的戴云山脉是当年南少林武僧的落脚点。在乾隆年间，一代武林宗师洪熙官进了泉州少林寺，拜至善禅师为师，继续发展南少林拳。后来他在广东佛山习武、开馆授徒，培养出了南少林拳王黄飞鸿，后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播东南亚及美国等地。
现位于东岳山脚下的泉州市少林寺，挖出了大量唐宋时期南少林寺的建筑构件之后，位于南安石井镇埭头村的颜岗寺又发现了一处“南少林五祖”之一的墓塔，为“南少林发源地在泉州”的说法再添一重要左证。正在施工的泉州南少林寺二期工程在复建天王殿工地上，已陆续出土一批唐宋时期古石础、石柱、石塔刹、药碾槽、宋瓷花瓶等珍贵文物。此间考古人士称，这是南少林考古的又一新发现，进一步印证了泉州南少林遗址历史。但所有这些的证据还是难以服众，最重要的一点是无直接记载“少林寺”的字样。
个人判断三家中莆田的证据最弱，仅凭着石槽上的"僧兵"两个字。福清出土了大量少林寺文物，如“少林院”“少林”等石刻铭文，相对靠谱些。泉州证据更充分，关键是衣钵传承清晰。所以我的判断是泉州大于福清，福清大于莆田。